Τυπική αντένδειξη αποτελεί η διάγνωση ψυχωσικής διαταραχής, η επιληψία και η μείζων κατάθλιψη. Λόγοι που δεν ευνοούν την κλινική υπνοθεραπεία είναι η έλλειψη εμπιστοσύνης προς τον θεραπευτή και κάποιες φορές η ίδια η ψυχοθεραπευτική σχέση.

Δεν υπάρχουν μαγικά φίλτρα στην ψυχοθεραπεία. Η θεραπεία κάθε ανθρώπου εξαρτάται από πολλούς παράγοντες. Η ύπνωση είναι ένα στάδιο που βοηθά τον θεραπευόμενο να χαλαρώσει, να αισθανθεί όμορφα και να προχωρήσει στην θεραπεία.

Η υπνοθεραπεία δεν εγγυάται και αυτή από μόνη της οπωσδήποτε ένα γρήγορο αποτέλεσμα. Το αποτέλεσμα εξαρτάται από πολλές προϋποθέσεις όπως το πόσο δεκτικός είναι κανείς, πόσο έχει δουλέψει με τον εαυτό του, πόσο διάστημα υποφέρει από το πρόβλημα, κατά πόσο το πρόβλημα συνδέεται με άλλους δυσλειτουργικούς τομείς κ.α.

Η συνεδρία της κλινικής υπνοθεραπείας περιλαμβάνει δύο μέρη: Την ύπνωση και τη θεραπεία.

Κατά το πρώτο μέρος ο θεραπευτής καθοδηγεί τον θεραπευόμενο ώστε να έρθει σε κατάσταση ύπνωσης. Όταν ο θεραπευόμενος περνάει στη βαθιά χαλάρωση, επιτρέπεται η πρόσβαση στο υποσυνείδητο και η εφαρμογή των τεχνικών θεραπείας. Κατά τη διάρκεια της θεραπείας, επιτυγχάνεται η απόλυτη συγκέντρωση σε εσωτερικά ερεθίσματα που βοηθούν τον θεραπευόμενο να φτάνει σε εμπειρίες, σκέψεις και εικόνες χρησιμοποιώντας τη δύναμη του υποσυνείδητου. Επιτρέπεται έτσι στο θεραπευόμενο η επαφή με ασυνείδητα μοτίβα σκέψης και ασυνείδητες συμπεριφορές ανοίγοντας το δρόμο για την διαπραγμάτευση θεμάτων που το συνειδητό κομμάτι αδυνατεί να πραγματοποιήσει.

Ο αριθμός των συνεδριών εξαρτάται από το στόχο αλλά και από τη δεκτικότητα του θεραπευόμενου, τη φύση των δυσκολιών του και την ανταπόκρισή του στην ύπνωση.

Στην πρώτη συνεδρία συλλέγονται οι πληροφορίες που θα συμβάλουν στην επιλογή ενός προγράμματος για τον θεραπευόμενο, στον ορισμό στόχων, στην ενημέρωσή του για το είδος της θεραπείας. Επίσης δίνονται οι διευκρινίσεις και οι εξηγήσεις που απαιτούνται για να 'χτιστεί' ένα κλίμα εμπιστοσύνης μέσα στο οποίο θα ξεκινήσει η θεραπεία. Δεν αποκλείεται ο θεραπευόμενος να είναι έτοιμος ήδη και να πραγματοποιηθεί η πρώτη συνεδρία κλινικής υπνοθεραπείας, αλλά δεν είναι το σύνηθες.

Δεν μπορεί. Είναι όμως σημαντικό να γνωρίζει κανείς ότι σκοπός της θεραπείας είναι η αντιμετώπιση των εσωτερικών συγκρούσεων του θεραπευόμενου μέσω της μεθόδου. Εάν ο ίδιος ο θεραπευόμενος διστάζει να μπει στη διαδικασία της ύπνωσης, τότε το πιο πιθανό είναι ότι δε θα αφεθεί ελεύθερος και ότι το είδος αυτής της θεραπείας δεν είναι το κατάλληλο για εκείνον.

Κάποιοι θυμούνται περισσότερα και κάποιοι λιγότερα πράγματα, συνήθως πάντως θυμούνται τα σημαντικά της υπνοθεραπευτικής συνεδρίας.

Η ύπνωση μπορεί να προκύπτει ετοιμολογικά από τη λέξη ύπνος αλλά δεν πρόκειται για το ίδιο πράγμα. Στην ύπνωση δεν κοιμάται κανείς, βρίσκεται σε βαθιά χαλάρωση κατά την οποία έχει έλεγχο του εαυτού του. Θα μπορούσε να πει κανείς ότι μοιάζει με την  απορρόφηση σε μια ταινία όπου ενώ ο θεατής έχει έλεγχο του εαυτού του, έχει συγκεντρωθεί τόσο στην υπόθεση ώστε αισθάνεται μέρος της.

Κάποιοι θεραπευόμενοι μπορούν πολύ εύκολα ενώ άλλοι δυσκολεύονται. Ο βαθμός δυσκολίας εξαρτάται σε μεγάλο βαθμό από τη νοοτροπία, τις προκαταλήψεις του θεραπευόμενου και τις εμπειρίες του όπως το αν έχει κάνει διαλογισμό στο παρελθόν. Σημαντικά όμως εξαρτάται από τη θεραπευτική σχέση, την εμπιστοσύνη, την ασφάλεια που αισθάνεται απέναντι στον θεραπευτή καθώς και την ενημέρωση που έχει λάβει για την κλινική υπνοθεραπεία.

Έχει πλήρη επίγνωση του χώρου, του χρόνου και απόλυτο έλεγχο του εαυτού του. Η χαλάρωση που βιώνει όμως είναι τόσο βαθιά, αισθάνεται τόσο όμορφα μέσα σε αυτή, που ενώ μπορεί να ανοίξει τα μάτια, δε θέλει ο ίδιος να το κάνει. Θα μπορούσε η αίσθηση της βαθιάς χαλάρωσης κατά την ύπνωση να παρομοιαστεί με την βαθιά απορρόφησή μας σε μια ταινία, που ενώ έχουμε επίγνωση ότι είμαστε θεατές, βιώνουμε όσα συμβαίνουν σαν να είμαστε μέρος της υπόθεσης.

Ο ανθρώπινος εγκέφαλος αποτελείται από το δεξί και το αριστερό ημισφαίριο. Το δεξί ημισφαίριο είναι υπεύθυνο για τη φαντασία, τα όνειρα, τη μακρόχρονη μνήμη ενώ το αριστερό ημισφαίριο είναι υπεύθυνο για τη λογική, την κριτική και την αναλυτική σκέψη. Η κλινική υπνοθεραπεία χρησιμοποιεί την ύπνωση προκειμένου να παρακάμψει τον συνειδητό νου (αριστερό ημισφαίριο), να αποκτήσει πρόσβαση στο υποσυνείδητο (δεξί ημισφαίριο) και να αξιοποιήσει τις θεραπευτικές τεχνικές.

Η ύπνωση είναι το πρώτο, απαραίτητο μέρος της κλινικής υπνοθεραπείας. Είναι η σωματική και νοητική χαλάρωση μέσω της οποίας παρακάμπτεται το συνειδητό ώστε να μπορούμε να δουλέψουμε με το υποσυνείδητο. Η κλινική υπνοθεραπεία δεν είναι δυνατόν να πραγματοποιηθεί δίχως την ύπνωση. Από την άλλη, η ύπνωση μπορεί να πραγματοποιηθεί χωρίς να ακολουθεί θεραπεία.